Kdy se aquaponie začala používat, je obtížné přesně datovat. Můžeme ale říct, že jedněmi z prvních průkopníků byli Aztékové v daleké Americe. Už kolem roku 1000 n. l. byli Aztékové natolik technologicky vyspělí, že vyvinuli systém známý jako „Chinampas“. Toto slovo vzniklo z aztéckého výrazu „chinamitl“, což můžeme volně přeložit jako „koš/plot z kamenů a stvolů“. V podstatě se jednalo o umělé ostrovy, které byly využívány k dalším zemědělským účelům.
Nejprve se do dna jezera nebo zaplavené oblasti umístily dřevěné kůly (tzv. piloty). Mezi ně byly vpleteny větve, pruty, stébla nebo rákosy. Tím vznikl rozměrný proutěný plot (nebo koš), který vymezoval prostor budoucího ostrova. Takto vyrobené umělé ostrovy byly následně naplněny organickým materiálem z rostlin a také, což bylo nejdůležitější, vysoce úrodným bahnem, které se vytěžilo ze dna mezi dvěma vedle sebe sousedícími ostrovy. Díky tomu se zvýšil produkční potenciál nově vzniklého ostrova a zajistila se splavnost dělicích kanálů mezi nimi, která byla velmi důležitá.
Z dochovaných zdrojů víme, že ostrovy měly velikost cca 2,5 x 30 m, což je pro pěstování rostlin pořádně velká plocha. Ostrovy vznikaly vedle sebe a odděleny byly již zmíněnými dostatečně širokými kanály tak, aby byl mezi nimi možný přechod pomocí kanoe. Jejich výška byla maximálně jeden metr nad vodní plochu. Nebylo tedy nutné další zavlažování, protože kořeny rostlin čerpaly vodu přímo z vlhké zeminy pomocí kapilárních sil. Aztékové byli dokonce tak mazaní, že po obvodu ostrovů vysazovali vodomilné stromy. Jako příklad uvedeme vrby (Salix bonplandiana) nebo tisy (Taxodium mucronatum), které svými mohutnými kořenovými systémy bránily erozi půdy (ať už vodní či větrné). Jako bonus poskytovaly blahodárný stín a ochranu pěstovaným rostlinám před prudkým slunečním zářením. Díky tomuto rafinovanému systému si Aztékové zajistili produkci kukuřice, fazolí, rajčat a dalších rostlin.
Ačkoliv tyto aztécké systémy měly velmi vysokou úroveň, aquaponické prvenství patří s velkou pravděpodobností Číňanům. Primárním zdrojem jejich potravy je rýže a ta se na rýžových polích pěstovala již kolem roku 11 tisíc př. n. l. (tedy mnohem dříve než tuto technologii mohli znát Aztékové). Není proto divu, že Číňané svůj produkční systém toužili vylepšit, a tak experimentovali a inovovali svou techniku v průběhu tisíců let. Jejich snahy vyvrcholily v 6. století, ve kterém si aquaponie přichází na své.